בנם של שולמית ודוד. נולד ביום כ"ו בתמוז תשס"ג (26.7.2003) בירושלים. אח ליובל, שירה והראל.

יהונתן גדל והתחנך בירושלים. למד בבית הספר התורני "חומת שמואל" והמשיך ללימודי חטיבה ותיכון בישיבה התיכונית "נתיב מאיר" בעיר.

נער חכם, חרוץ ונחוש. פעל מתוך שלווה פנימית ובצניעות וענווה שאין כדוגמתה. בעל כריזמה ומנהיגות שקטה. חברותי מאוד, היווה את הדבק בין קבוצות חבריו.

חניך פעיל בתנועת הנוער "בני עקיבא". אהב להיות בחברת אנשים ותמיד מצא את הטוב שבהם, התנהל ללא שיפוטיות ומתוך רצון להיטיב. בלט בדאגתו לחלשים ופעל במרץ למניעת חרמות במסגרות בהן שהה.

"עלם חמודות עם חיוך רחב. אחת התכונות המרכזיות שלו הייתה שמעולם לא דיבר לשון הרע - לא על משפחתו, חבריו או מוריו. התנהל בפשטות, הצליח להביא אור ותקווה לכל מקום. תמיד היה עם חיוך גדול על הפנים ואמונה ענקית" תיארו אותו אוהביו.

מסור למשפחתו ולחבריו בלי גבול ונחשב ל"ילד של בית". שם את רווחת אהוביו בראש מעייניו ודאג לסייע ולעזור להוריו בכל הנדרש.

בתום לימודיו התיכוניים השתלב במכינה הקדם-צבאית "יתיר" שבדרום הר חברון. הוא נהנה עד מאוד מהמקום, מהחברה ומלימודיו והאריך שהותו שם לשנה וחצי. בתקופה זו עמל רבות להעלות את הפרופיל הצבאי שלו באופן שיתאפשר לו לשרת ביחידה קרבית משמעותית, רואה חשיבות גדולה לתרום לעם ולמדינה שכה אהב.

ביום 19.3.2023 התגייס לצה"ל והתנדב לשירות כלוחם בחטיבת "גבעתי". היה גאה מאוד על שיבוצו ביחידה, וחש תחושת שליחות של ממש בשירות. עבר הכשרות רבות ונחשב חייל מקצועי ומסור. יצר קשרים חברתיים בקלות והיה אהוד בקרב חבריו ביחידה. במהלך ההכשרה יצא לקורס "קטלן" שלאחריו יועד לשמש כאחראי על מערכות הירי בתוך ה"נמר" (כלי רכב משוריין). סיים את הקורס בהצלחה.

בשבת כ"ב בתשרי, שמחת תורה תשפ"ד, 7 באוקטובר 2023, בשעה שש וחצי בבוקר, פתח ארגון הטרור חמאס במתקפת פתע על ישראל. בחסות ירי מסיבי של טילים ורקטות מרצועת עזה לאזורים נרחבים בארץ חדרו אלפי מחבלים – יבשתית, ימית ואווירית, והחלו במתקפה רצחנית על יישובי עוטף עזה ועל שדרות, אופקים ונתיבות, על מְבַלי מסיבות טבע סמוך לקיבוצים רעים ונירים, על בסיסי צה"ל ועל העוברים בדרכים באזור. המחבלים רצחו כשמונה-מאות אזרחים בבתיהם, במכוניותיהם, אחרי שביצעו בהם פשעים כבדים. חטפו לרצועת עזה מאות ישראלים והחריבו, בזזו והעלו באש בתים ורכוש. מאות חיילים, שוטרים, אנשי כוחות הביטחון וחברי כיתות הכוננות המקומיות נפלו בקרב. בבוקר זה החלה מלחמה.

בחלוף כשבועיים מתחילת המלחמה, החל צה"ל בתמרון קרקעי ברצועת עזה. יהונתן אשר היה אז במהלך מסלול ההכשרה שלו ביחידה, לקח חלק בלחימה אינטנסיבית ברצועה. לאורך חודשים, בהכשרה ואחריה, ניהלו הלוחמים קרבות עזים מול עשרות מחבלים ויחד חיסלו חוליות טרור רבות. הלחימה חלשה על כל הגזרות, החל מצפון הרצועה: בית לאהיא, בית חנון, סג'עייה, העיר עזה, במחנות המרכז ובדרום, בציר פילדלפי וברפיח.

בסוף מאי 2024 יצא יהונתן לאפטר קצר. בני המשפחה העידו כי התרגשו מאוד מהמפגש המיוחל.

ארבעה ימים אחרי החופשה הקצרה, ביום 30.5.2024 במהלך מבצע ברפיח, בזמן שיהונתן ומפקדו עלו על צריח ה"נמר" כדי להכין ולטעון את המקלע, נורה לעברם טילRPG מטווח קצר. יהונתן נהרג במקום, מפקד הכוח נפצע קשה.

רב-טוראי יהונתן אליאס נפל בקרב ביום כ"ב באייר תשפ"ד (30.5.2024). בן עשרים בנופלו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בהר הרצל בירושלים. הותיר אחריו הורים, שתי אחיות ואח.

לאחר נפילתו הועלה לדרגת סמל.

מספר חודשים לאחר נפילתו, ילדה אחותו שירה את בנה בכורה וקראה לו על שמו – דוד יהונתן.

בני משפחתו וחבריו הקימו לזכרו את "מצפה יהונתן" בבית אל, וכתבו: "מצפה זה הוקם ע״י חברים ומשפחה להצעות נישואין ולהקמת משפחות רבות בעם ישראל. לזכרו של אהוב ליבנו סמל יהונתן אליאס, איש אמת, פשוט וצנוע שלא דיבר לשון הרע, לחם בגבורה למען עם ישראל, דיבר מעט ועשה הרבה".

ספר תורה נכתב לעילוי נשמת יהונתן והוכנס לבית הכנסת בו התפלל, "אורות יהודה" בשכונת הר חומה בירושלים. בבית הכנסת ניצב כיסא ריק על שם יהונתן.

הוקם כולל שנקרא על שמו - "אורות יהונתן".

היכל קודש נקרא על שם יהונתן, וספסלים על שמו נחנכו בבית הספר "חומת שמואל" בו למד.

סטיקרים ומדבקות עם הכיתוב "תהיו פשוטים, תהיו יהונתן" הופקו לזכרו.

יהונתן מונצח במצודת יואב - בית חטיבת גבעתי בדרום.