בן נאוה ושמעון מאיר שארל. יהונתן נולד באשדוד ביום י"ג בסיוון תשנ"ב (14.6.1992). בן בכור להוריו, אח בכור של זיו, מיכל ואוריה.

ביום 13.3.2011 התגייס יהונתן לצה"ל. הוא שירת כלוחם בגדוד 51 בחטיבת גולני.

סמל יהונתן נפל בפעילות מבצעית ביום י"ב באלול תשע"ב (30.8.2012). בן עשרים בנפלו. הוא הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי באשדוד. הותיר הורים, אח ושתי אחיות.