בנם של רונית ומשה ניסים. נולד ביום כ"א באדר א' תש"ס (27.2.2000). היה אחד משלישייה, יחד עם אריאל ושירה, ושלושתם אחים למיכאל ודניאל.

יהונתן (יוני) גדל והתחנך בבאר שבע, ומגיל קטן התאפיין בעדינות, בצניעות, בתום לב ובאהבת הטבע. יוני למד במוסדות החינוך של חסידות חב"ד בבאר שבע, ובגיל תיכון עבר ללמוד בישיבה התיכונית ביישוב שומריה. בישיבה יוני התפתח ועיצב את אישיותו. חבריו סיפרו על טוב ליבו ועל התעניינותו בכל הסובבים אותו; על הקפדתו ללמד זכות על כל אחד ואחד; ועל שמירת הלשון והימנעות מכל רכילות ודיבור שלילי. 

יוני התבלט באהבתו לכל יצור חי שנקרה בדרכו, מנמלים קטנות שהקפיד שלא להפר את שלוותן, ועד לבעלי כנף פצועים, שדאג לטפל בהם עד הבראתם וחזרתם לטבע. בתקופת הישיבה יוני הפעיל פינת חי ושימש גם כמדריך בוגר לתלמידים הצעירים שהצטרפו לישיבה. 
משומריה עבר ללמוד בישיבת "נטע ימינך", ישיבה חקלאית באשתמוע, המשלבת לימודי קודש עם עבודה חקלאית. הלימודים בישיבה דרשו מידה רבה של חריצות לשם השכמה בשעות הבוקר המוקדמות ועבודה פיזית בתנאי מזג אוויר קשים, זאת לצד שילוב של לימודי קודש בשעות היום המאוחרות יותר. יוני ראה באורח חיים זה זכות, ואף שקל לחזור לישיבה אחרי תום שירותו הצבאי.

אוהביו תיארו אותו כ"שילוב נדיר של אהבת ארץ ישראל, אהבת עם ישראל ואהבת התורה". בחור חייכן ונעים הליכות, תמיד מאיר פנים ושמח בחלקו. בלט בעיקר בענווה ובעדינות שאפיינו את התנהלותו. בליבו הרחב היה מקום לכולם, והוא היה נכון להקשיב לזולת הקשבה כנה ומסורה, כזו שהיה בה נחמה גדולה בפני עצמה, אף ללא קשר לעצה שנתן לאחריה. 
מצוות "ואהבת לרעך כמוך" היתה נר לרגליו, ואת האהבה שהרעיף על האחרים קיבל מהם בחזרה. הוא היה אהוב על כולם, והותיר רושם יחיד במינו על כל מי שהכיר אותו. 

יוני אהב את הטבע על כל גווניו - מעיינות, בורות מים, מסלולי טיולים, צמחים ובעלי חיים. הוא עסק בטיבוע ציפורים כתחביב וחלם להיות מדריך רכיבה טיפולית בחוות סוסים. בנוסף יוני אהב להכין קפה, היה לו הפק"ל המיוחד שלו שכל הזמן דאג להשקיע בו ולשדרג אותו כדי לפנק את החברים. הוא אהב לשתות עם המשפחה משקאות משובחים ואף היה אחראי למזוג את המשקאות בכוסות של כולם, תוך כדי שהוא מרים 'לחיים' עם החיוך שהיה שמור רק לו. 

עם תום לימודיו בישיבה הגבוהה התגייס לצה"ל והתנדב לשירות מלא כלוחם בחיל השריון. עבר הכשרות שונות ושימש כטען טנק ביגל"ן, בגדוד 82 שבעוצבת 'סער מגולן' (7). מפקדיו תיארו אותו כחייל חדור מוטיבציה ומסור, שחש שליחות עמוקה בשירותו הצבאי. בפנקסו כתב - "לוחם לא עושה את מה שהוא אוהב, הוא מוצא את האהבה במה שהוא עושה". זה היה המוטו שלאורו הוא פעל.

בשבת כ"ב בתשרי, שמחת תורה ה'תשפ"ד, 7 באוקטובר 2023, בשעה שש וחצי בבוקר, פתח ארגון הטרור חמאס במתקפת פתע על ישראל. בחסות ירי מסיבי של טילים ורקטות מרצועת עזה לאזורים נרחבים בארץ חדרו אלפי מחבלים – יבשתית, ימית ואווירית, והחלו במתקפה רצחנית על יישובי עוטף עזה ועל כל הנמצאים באזור. בבוקר זה החלה מלחמה.

עם פרוץ המלחמה יוני היה בבית, מסופח זמנית ליחידת ר"ם 2 עד להחלמה מפציעה ברגל. חופשת השחרור שלו היתה צפויה להתחיל לאחר החגים, בתזמון עם תאריך ההחלמה המשוער, ולכן הניח שכבר לא ישוב לפלוגה, אלא ישתחרר מיחידת ר"מ 2. אולם, משהבין את גודל השעה, יוני עשה ככל שביכולתו כדי לקבל את הסיפוח חזרה ליחידתו, להשיג את הציוד הנדרש, ולהצטרף לחבריו שבינתיים נכנסו להילחם בעזה. 
יוני הפתיע את מפקדו שנתקל בו ברצועת עזה מבלי שהבין איך הוא נכנס פנימה. יחד עם חבריו לחם כטען בטנק המ"מ עד להפסקת האש הראשונה. עם יציאתו מהרצועה ניתנה לו ההזדמנות יחד עם בני המחזור שלו לעזוב את הפלוגה ולצאת הביתה, שכן הם כבר היו משוחררים רשמית משירות סדיר. עם זאת יוני לא רצה לעזוב את חבריו ברגעים גורליים אלו, כחייל ותיק הוא חש אחריות כלפי חבריו לצוות ובחר להישאר איתם. למרות הזדמנויות נוספות שנקרו בדרכו יוני לא הסכים לשוב הביתה והתעקש להישאר ולתרום את חלקו. 

גם במהלך הלחימה רגישותו לא קהתה, אימו סיפרה: "ליוני הייתה רגישות עצומה, אך בד בבד הוא היה גם 'פייטר' גדול. שילוב זה בא לידי ביטוי ביכולתו להיות לוחם בטנק ובה בעת להיות רגיש כלפי כל יצור קטן; באחת מהפעמים שיצא הביתה לזמן קצר, שמע חתול שנלכד עמוק בתוך פיר ביוב. יוני השקיע שעות רבות כדי לחלץ אותו משם, ולא נח עד שניקה והאכיל אותו, ווידא שהוא בסדר, זוהי ההתנהגות שאפיינה אותו".

ביום 5 בדצמבר 2023 במהלך קרב בח'אן יונס במטרה להשיב את החטופים משבי החמאס, פגע בטנק שלו טיל נ"ט ויוני נהרג. 

סמל ראשון יהונתן מלכא נפל בקרב ביום כ"ב בכסלו תשפ"ד (5.12.2023). בן עשרים ושלוש בנופלו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בהר הרצל בירושלים. הותיר אחריו הורים, אחות ושלושה אחים.

לאחר נפילתו הועלה לדרגת רב-סמל.

אביו ספד לו: "עלם חמודות שהפך לגבר צעיר ויפה, רגיש עם מידות של צדיק". 

אמו ספדה לו: "הילד הכי שמח בעולם, בעל מאור פנים, חמלת אין קץ. העדינות, האצילות, המתיקות, והרוך הם חלק בלתי נפרד מהווייתך".

לזכרו של יוני התקיימו ומתקיימות יוזמות הנצחה שונות, כולן ברוחו, בכוונה להוסיף ולהפיץ את אורו בתקופה כה מורכבת בתולדות עמנו.

משפחתו הקימה עמותה לזכרו "קשת יהונתן לא נסוג אחור", ודרכה היא פועלת כדי לרכז את הפעילות. 

בין היתר נחנך בית כנסת בשם "קשת יהונתן" בעיר קטוביץ שבפולין. בית הכנסת נמצא בתוך "בית ישראלי" שנועד לשמש את הסטודנטים הלומדים במקום ולתת להם תחושה של בית חם בעת שהייתם בחו"ל. 

יריד חסד מיוחד לזכרו התקיים בתיכון אמי"ת בבאר שבע, בהובלת אימו של יוני שמנהלת בתיכון את החטיבה העליונה. ביריד נמכרה תוצרת חקלאית משדות עוטף עזה, והכספים שגויסו יועדו להמשך ההנצחה.

בתיכון אמי"ת הוקם בית מדרש בשם "אח"י יהונתן" שנועד להפגיש את התלמידים עם טקסטים מארון הספרים היהודי ברוח התקופה, כדי לבנות גשרים ולחבר בין הקבוצות השונות בחברה הישראלית.