בנם של לילי ורפאל. נולד ביום כ' באדר תשמ"ג (4.3.1983) בנתניה. אח לשמואל.

ביום 11.10.2001 התגייס לצה"ל ושירת בחיל אוויר.

יהונתן נישא לאמילי ולזוג נולדו שלושה ילדים: אביתר, יפתח ואיה.

רב סרן יהונתן נהון נפל בעת שירותו ביום כ"ג בכסלו תשפ"ד (6.12.2023). בן ארבעים בנופלו. הוא הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בנתניה. הותיר אחריו אישה, שלושה ילדים, הורים ואח.