בנם של תדע ופרופ' אלפרד (אברהם). נולד ביום ז' באדר ב' תרפ"ט (18.3.1929) בירושלים. אח של חוה ובת שבע.
יוחנן גדל והתחנך בעיר הולדתו. ביתו התאפיין בפתיחות ובסובלנות, לצד משמעת והבנת חובותיו. למד בגימנסיה העברית בירושלים, תלמיד טוב שהצטיין ברבים מהמקצועות, חבר טוב שעזר במתן הסברים וסייע בהכנת שיעורי בית לפונים אליו.
נער גבוה היה, בעל בלורית בהירה ועיניים בהירות. צנוע, עניו וביישן שהתאפיין ביושר פנימי.
השתתף בפעילות תנועת הנוער "המחנות העולים – התנועה המאוחדת" כחניך ובהמשך הדריך בתנועה. חניכיו סיפרו שאהבו וכיבדו אותו בזכות השלווה שהקרין, היחס האישי והאנושי שהעניק ובזכות החיוך הקטן שהאיר את פניו, הדיבור השקט, הצניעות וחוסר ההתנשאות.
מילדותו נדבק יוחנן בחיידק הטיולים.
סיפר יואב אורני: "היו לנו אינטרסים רבים משותפים, כשהבולט בהם היה הטיול. בתנועות הנוער העלו את הטיול לדרגה עליונה, ערך חינוכי ממדרגה ראשונה, עם הרבה רומנטיקה".
בסיום לימודיו התיכוניים יצא להכשרה בקיבוץ כפר בלום שבאצבע הגליל יחד עם חבריו לתנועה. אז גם הצטרף לגדוד השלישי של הפלמ"ח (פלוגות המחץ של ההגנה) ובמסגרת זו לחם במלחמת העצמאות. במלחמה השתתף בפעולות מבצעיות רבות, לקח חלק בכיבוש צפת, נבי יושע, רמלה-לוד ולחם בקרבות הדרום כאיש חטיבת "יפתח" של הפלמ"ח.
לאחר המלחמה הקים עם חבריו להכשרה את קיבוץ צרעה שבשפלת יהודה, והיה מזכיר הקיבוץ הראשון. מצרעה נשלח להדריך ולרכז את קן התנועה המאוחדת בקריית חיים. כשסיים את תפקידו שב לקיבוץ ולעבודה בפלחה. עבד על בולדוזר ברחבי הארץ, בין היתר סלל את כביש כורנוב-סדום והיה גאה מאוד בעבודה זו.
בסוף שנת 1953 החל ללמוד הנדסת מים (הידרולוגיה) בטכניון בחיפה. שאיפתו הייתה לשלב את אהבתו לטיולים בארץ עם הרצון לרכוש מקצוע.
סמוך לתחילת לימודיו הוזמן על ידי רחל, שהייתה חניכתו בתנועה המאוחדת, למסיבת הגיוס לנח"ל של מי שהיו חניכיו בקריית חיים. מאז לא נותק הקשר בין השניים. בשנת 1957, כשסיים ללמוד, הם נישאו.
את עבודתו המקצועית התחיל בשנת 1958 בשירות ההידרולוגי בירושלים. בשנת 1961 השתלם בקורס בינלאומי בדלפט שבהולנד במשך שנה. ב-1963 עבר לתל אביב, שם עבד במסגרת חברת תה"ל (תכנון המים לישראל) כהידרולוג מים עיליים ובהמשך כמרצה בחוג לגאוגרפיה באוניברסיטת תל אביב.
במהלך חייו המקצועיים עסק בתחום המים העיליים, בתאוריה ובפרקטיקה. בהמשך התמחה גם בתחום החישה מרחוק. בשנת 1961 יצא לאור ספרו, שנקרא "לאורך מפעלי המים הארציים".
בשנת 1971 סיים את כתיבת עבודת הדוקטורט שלו באוניברסיטת נבדה בארצות הברית, שעסקה גם היא בתחום המים העיליים.
במהלך עבודתו נסע פעמים רבות לחו"ל, תחילה במסגרת חילופי סטודנטים להולנד ובהמשך בנסיעות רבות למטרות לימודים, השתלמויות ועבודה ברחבי העולם - בארצות שופעות מים, ומנגד בארצות צחיחות. במסגרת מסעותיו הגיע בין היתר לפרו, להונדורס, לרפובליקה הדומיניקנית, לקולומביה ולמספר יעדים ברחבי ארצות הברית. נסיעותיו המרובות נבעו ממסירותו לעבודה, עניינו הרב במקצוע ושאיפתו המתמדת להרחבת הידע. בנסיעות שילב את חיבתו הרבה לטיולים, ולא פעם הצטרפה אליו משפחתו – רעייתו רחל והילדים עמר, צופי ואלינוער.
על הטיולים הרבים סיפר חברו מילו נאמן: "יוחה של הטיולים היה יוחה אחר, יוחה של קודש המתייחס לכל טיול כאל מאורע חגיגי. נרתם מיד לעבודה, מתכנן מסלול, מכין ספרות מתאימה ומסביר בטלפון את נפלאות המסלול המוצע... ובטיול עצמו מבצע זיהוי אתרים, עובר לסיפורים על המקום ולקריאת קטע המאפיין את חשיבותו ההיסטורית... יוחה של הטיולים הוא יוחה מיוחד במינו שקשה לשכוח אותו, ואנחנו מתגעגעים לטיול נוסף".
באוקטובר 1973, ימי מלחמת יום הכיפורים, גויס יוחנן למילואים. במהלך הלחימה לקה בליבו, והוטס לטיפול בבית חולים. אחרי טיפול ושיקום הוא הוכר כנכה צה"ל.
לאחר השיקום שב לעבודתו, כולל לנסיעות בעולם.
בשנת 1981 עברה המשפחה לחיפה וד"ר יוחנן בונה עבד כמהנדס מחוז הצפון בשירות ההידרולוגי. בעבודה זו עסק עד יומו האחרון.
סיפר מאיר להמן, עמית לעבודה: "הרשימו אותי יחסי הגומלין בינו ובין תלמידיו וחבריו לעבודה. במהלך העבודה המשותפת יכולתי להכיר את יוחנן האדם, כשהיושר האישי והצניעות היו מהתכונות הבולטות שלו, והמהנדס, שלא מעט נעזרנו באזור הירדן בידע הרב שלו בתחום המים העיליים... אהוד היה על בעלי מקצוע איתם בא במגע ועל אלה שנעזרו בשירותיו".
בשנותיו האחרונות העסיק אותו יותר מכול נושא חקר המים בחרמון, בגולן ובעמק הירדן. יצא לשטח בכל תנאי מזג אוויר ונרתם לעבודת המדידות הקשה בלא פחות התלהבות מאשר לניתוח הנתונים במשרד. ביצע את עבודתו בצניעות, תוך שימת צרכי האחרים לפני צרכיו ומבלי להזכיר את בריאותו הרעועה מאז פציעתו במלחמת יום הכיפורים.
חבריו לעבודה תיארו אותו כבעל מזג נוח, ידידותי ומוכן לעזור. על אף תוארו והשכלתו הרגישו תמיד בנוח בחברתו והרבו ללמוד ממנו. עוד סיפרו כי לצידו העבודה בשטח הייתה תענוג והפכה למדעית יותר. עבודות השדה קיבלו הסבר תאורטי ולא רק מעשי בזכותו. התפעלו תמיד ממרצו הבלתי נלאה וממסירותו לעבודה גם בשעות קשות.
יוחנן בונה נפטר ביום ג' באלול תשמ"ז (28.8.1987), בן חמישים ושמונה שנים. הובא למנוחות בבית העלמין שדה יהושע בחיפה. הותיר אחריו אישה, שלושה ילדים ושתי אחיות.
על מצבתו כתבו אוהביו: "ישר דרך. איש משפחה ועבודה".
ספד יוסקה שמרלינג: "את יוחה אפשר היה להכיר לאט לאט, כי יוחה היה סמל לאיש צנוע ונחבא אל הכלים. בכדי לגלות את כל התכונות היפות שהיו בו היית צריך לבלות עם יוחה. התנהג בצורה עממית, הרגשת נוח על ידו. היה בעל ידע ואוהב ארץ ישראל. בעיקר אהב את המים. תכנן ועשה הכול בשקט מבלי להתלונן על קשיים, מוכן תמיד לעזור אבל נמנע מלבקש עזרה. הכרנו בעזרת יוחה ועל ידו חלקים רבים ויפים בארץ ישראל ועל כל מקום ידע לספר... סיפורים פיקנטיים שהיו מרתקים את כל המלווים אותו, כמו הסיפורים בעקבות עבודתו בנושא המים בצפון".
ספד יואב תיבון, חבר: "יוחה נהנה מאמון ואהדה שמעטים בתוכנו זכו לה. חניכיו אהבו אותו, חבריו בכיתה, בתנועה ולאחר מכן בהכשרה, בפלמ"ח, ובשנים הראשונות בצרעה נתנו בו את אמונם המלא. לא בכדי הוא נבחר לתפקיד של מזכיר פנים ראשון של צרעה.
אצל יוחה לא הייתה אחיזת עיניים, גניבת דעת והעמדת פנים. כל מה שפעל ועשה בחייו היה ביושר, בהגינות ובחברות. על כך העריכו אותו כל מי שהכירוהו מקרוב.
כזה היה יוחה וכזה אזכור אותו".
במלאת שנה לפטירתו הוקדשה לזכרו חוברת "אופקים בגאוגרפיה" שיצאה באוניברסיטת חיפה. החוברת מרכזת בתוכה מחקרים ועבודות הקשורים לתחום עיסוקו של יוחנן, בתחילתה מתוארת דמותו של האיש והחבר שהיה ומסכת חייו והיא הוצגה בכנס שנערך לזכרו במכון "ון ליר" בירושלים.
תחנת מדידה שהקים השירות ההידרולוגי בעמק הירדן נקראה על שם יוחנן.