בנם של רחל ועזרא. נולד ביום ט׳ באדר א׳ תשי״ז (10.2.1957) בירושלים.
יונתן (יוני) היה ילד שובב, גדל והתחנך בירושלים, למד בבית הספר תיכון ״מעלה״.
בתקופת התיכון התחיל לרקוד בלהקת ״הורה ירושלים״ ובהמשך גם הפך למדריך ריקודי עם.
בהגיעו לגיל גיוס, התגייס לצה״ל ושירת כלוחם בחיל השריון. הוא הוצב בסיני, אז בשליטת ישראל.
במהלך שירותו התפרצה אצלו מחלה קשה. הוא שוחרר מצה״ל לאחר שנה של שירות ומאז, המשיך להתמודד עם סיבוכי המחלה, עבר ניתוחים רבים ולבסוף גם השתלת כבד בארצות הברית.
אחרי הצבא השלים לימודי תעודה כהנדסאי אלקטרוניקה.
כשהיה בן עשרים וחמש הכיר את ולרי, עולה חדשה מצרפת, במסגרת ריקודי עם בירושלים. השניים הפכו לזוג ונישאו ביום 21 באוגוסט 1984. יחד הם היו צוות מנצח ובלתי נפרדים. נולדו להם שלושה ילדים: נטלי, מאיה ודניאל. הוא היה אב למופת, מעורב ומסור. כמשפחה הם אהבו לטייל בחו״ל, לצאת לאירועים ובילויים שונים. המשפחתיות הייתה עבורו לערך עליון.
בעקבות מחלתו של יונתן, היה לו חשוב להפיק מהחיים את המיטב. כך הנחיל למשפחתו, שהחיים אינם מובנים מאליהם ויש לנצל כל רגע בכדי לחוות חוויות ולהנות. בהתאם לכך, הוא עשה מאמצים עילאיים כדי לאפשר למשפחתו לנהל חיים שגרתיים ועל אף סבלו הרב מעולם לא התלונן.
היו לו חברים רבים, הוא ידע להקדיש תשומת לב אישית לכל אחד ולגרום לו להרגיש מיוחד. הייתה בו נתינה לאחר, היווה מקור השראה למשפחתו ולסביבתו.
במקצועו היה טכנאי שידורי רדיו ברשות השידור. במקביל, עבד כטכנאי שידורי חוץ בפסטיבלים ובמופעים רבים. הוא נהנה מעבודתו ואהב את עשייתו.
ליונתן היו ידיים טובות בכול. הוא ידע לתפור, לצייר ולפסל. מצא בפיסול נחמה גדולה והשתתף בחוג לקרמיקה בבית הלוחם בירושלים ארבע פעמים בשבוע. בהמשך גם הפך למנחה והתנדב עם קבוצת הנכים הקשים. הותיר אחריו מאות פסלים שפיסל. גם היה בשלן מעולה, ואהב לבשל מטעמים לכל המשפחה.
את ערכיו יונתן הנחיל לילדיו. את תשומת הלב הניתנת לכל אחד הנחיל לבתו הבכורה נטלי, שהייתה לעובדת סוציאלית. את ידיו הטובות הנחיל לבתו מאיה, אומנית בנשמה. את אהבת הבישול הנחיל לבנו דניאל, שלימים הפך להיות שף.
בשנת 2020 נולדה נכדתו סופיה. היא הייתה כל עולמו ובשנותיו האחרונות נתנה לו טעם לחיים.
יונתן לוי נפטר ביום י״ט באדר תשפ״ג (12.3.2023). בן ששים ושש בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין הר המנוחות בירושלים. הותיר אחריו אישה, שלושה ילדים, שלושה אחים ואחות.
על מצבתו חקקו אוהביו: ״הייתה לך קופסת צבעים, איתה ציירת לנו את העולם, עכשיו השארת לנו את הקופסה לצייר איתה חלומות״.