בנם-יחידם של יוסף הכהן ושמחה. נולד בשנת תרפ"ז (1927) בעיר מרקש אשר במרוקו. 

בנעוריו נתיתם מהוריו ובשנת 1953 עלה לארץ כי ידע, ש"ישראל היא הארץ היחידה שלנו", כפי שהיה נוהג לומר.

ניסים נשא לאישה את מרסדס (מרסל) ולזוג נולדו שני ילדים: יוסף ואשר. יחד הקימו משפחה לתפארת. חייהם היו צנועים, אך הם היו שמחים בחלקם.

הוא היה פועל בלשכת הקרן הקיימת לישראל. בהתקרב ימי החירום והכוננות שלפני מלחמת ששת הימים היה כבר למעלה מגיל ארבעים. אך משהחלו ראשוני-הלוחמים להתיצב ביחידותיהם ולהיקרא לדגל חש נסים במועקה כבדה שאף הוא אינו בין המגויסים. הוא חיכה בכליון-עיניים עד שלבסוף גויס למסגרת-המילואים, אלא שהוא עשה במדיו פחות מיממה.

ביום י"ח באייר תשכ"ז (27.5.1967) נפל בשעת מילוי תפקידו. הובא למנוחת-עולמים בבית-הקברות הצבאי בצפת. הניח אשה ושני ילדים קטנים.