בנם של בת שבע ואהרון. נולד בתש"ט (1949) בברזיל. ילד שני במשפחה, אח של רפי וזהבה.

נתן אפרים (נתי) גדל בברזיל, שם למד בבית ספר יסודי יהודי ומגיל צעיר שלט גם בשפה העברית.

ב-1959, בהיותו בן עשר, עלתה המשפחה לישראל. הם התיישבו במושב שדה יעקב בעמק יזרעאל, מושב של תנועת "הפועל המזרחי" שהתאים לערכיהם, שם המשיך את לימודיו בבית ספר דתי. כעבור כארבע שנים עברו לקריית שמואל בצפון חיפה, נתן סיים לימודי תיכון במקום בציונים גבוהים מאוד.

היה ילד יפה תואר, בעל בלורית ועיניים כחולות, תמיר ואצילי. צמח להיות נער גבוה וחסון, שיחק בנבחרת הכדורסל של קריית שמואל. בלט כצעיר ישר ורודף צדק, כבוד ההורים והדאגה למשפחה תמיד בראש מעייניו. בעל חיוך שובה לב, מוקף בחברים שלהם הִרבה לסייע במעשה ובעצה נאמנה. היה חניך פעיל, עם חבריו הנאמנים, בשבט "נחשון" של תנועת בני עקיבא בקריית שמואל.

בתחילת 1968 התגייס לצה"ל, לחיל השריון. אחרי אימונים שובץ ליחידה מיוחדת בחטיבה 401, שירת בדרום על שפת תעלת סואץ בתקופת מלחמת ההתשה שפרצה אחרי מלחמת ששת הימים. בהמשך דרכו נשלח נתן לקורס קצינים, אותו עבר בהצלחה רבה, ושירת בסיני וברמת הגולן.

אחרי שירות החובה המשיך לשירות קבע בצה"ל, במלחמת יום הכיפורים באוקטובר 1973 שירת כמפקד פלוגה ולחם בסיני.

אחרי המלחמה עבר לרמת הגולן. בשנת 1976, בעת סיור שגרתי באזור רמת מגשימים, התגלו עקבות של שבעה מחבלים שחדרו מסוריה לארץ. כמפקד הפלוגה הוא הוביל את חייליו עד לחיסול חוליית המחבלים. על פעולה אמיצה זו קיבל אות הוקרה ממפקד פיקוד צפון.

לאחר שחרורו מצה"ל התגייס למשטרת ישראל. כקצין צה"ל קיבל דרגת רב-פקד ומונה כאחראי על המשמר האזרחי בחיפה. לאחר מכן מונה לפקד על בית הספר ללוחמה בטרור במכללה ללימודי משטרה ששכנה בשפרעם. בהמשך מונה למפקד המשמר האזרחי במחוז חיפה, קריית חיים וקריית שמואל.

נתן נישא ללאה. הם גרו בקריית חיים, שם גדלו בנם אסף ובתם עדי.

ביום חמישי 25.1.1979 עלתה אונייה יוונית על שרטון בחוף קריית חיים. נתן מתוקף תפקידו עלה על האונייה כדי לבדוק ולחקור את אנשי הצוות, משימה שגזלה שעות רבות עד בוקר שישי.

בשובו הביתה אחרי פעילות כל הלילה הכין את ילדיו ללימודים, בהמשך יצא לקניות לקראת שבת ובערב יצאו לארוחה משפחתית. בדרכם עצר בבית הוריו, כהרגלו בקודש, לערוך איתם קידוש שבת. כעבור זמן מה, בהיותו בארוחה בבית גיסתו, איבד את הכרתו. ניסיונות ההצלה לא צלחו, והוא נפטר אחרי זמן קצר.

רב-פקד נתן אפרים (נתי) פורטנוי נפל בעת שירותו בכ"ח בטבת תשל"ט (26.1.1979). בן עשרים ותשע בנופלו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בחיפה. הותיר אחריו אישה ושני ילדים, הורים, אח ואחות.

אחיו רפי ואחותו זהבה, שניהם קראו לבניהם על שמו.

נתן מונצח באנדרטה לנופלי מרחב חוף של המשטרה בחיפה, ובאנדרטה במכללת השוטרים בבית שמש.