בנם של מרים ואלברט. נולד ביום י"ב באלול תשמ"ז (6.9.1987). אח קטן ללירז ושרה.

נשוי לשרית ואב לענהאל, אבישג, טליה, אביעד ואביתר.

נתנאל יעקב גדל והתחנך בקריית ים, למד בבית ספר יסודי מקומי ובתיכון "לוינסון" בעיר.

אביו מספר שהיה "ילד טוב ירושלים", ילד של בית, מלא אהבה ונתינה. מגיל קטן הפגין תכונות של מנהיג, היה מושא להערצה בקרב חבריו ובני דודיו שתמיד הקשיבו לדעותיו וחיכו למוצא פיו.

מדי שבת היה נתנאל צמוד לאביו בתפילות בבית הכנסת, שם התאהב בשירת הפיוטים ועם השנים למד את כל הניגונים. את כישרונו המוזיקלי טיפח גם בקונסרבטוריון בו למד נגינה על סקסופון, בהמשך החל לתופף בדרבוקה והצטיין גם בכך.

בכיתה י"ב החל לצאת עם שרית, שלמדה איתו בתיכון. היא תיארה אותו כנער חכם, בוגר ואחראי, שאפתן, חרוץ ורומנטיקן, וסיפרה שכבר מתחילת הקשר הרגישה בת מזל שזכתה במישהו כמוהו. 

נתנאל גדל על סיפורי הגבורה של אביו, שהיה לוחם בצה"ל, ספג מילדות את אהבת הארץ והמדינה וחלם על שירות צבאי משמעותי. כשהיה בן שש-עשרה הצטרף לתוכנית הכנה לצבא בשם "כושר אקסטרים" והשקיע באימוניו במלוא הרצינות. לקראת הגיוס, זומן לגיבושים לקורס טיס ולמספר סיירות וסיים את כולם, אך לבסוף בחר לשרת כלוחם חי"ר (חיל רגלים) במסגרת השבחה גדודית.
במרץ 2006 התגייס לצה"ל ושירת בגדוד "רותם" של חטיבת "גבעתי". הוא בלט כחייל רציני ואחראי, בעל יכולת מנהיגות והכלה, ומפקדיו צפו לו עתיד פיקודי מזהיר. 

אחרי סיום ההכשרה, יצא לקורס מ"כים (מפקדי כיתה) ובהמשך לקורס קצינים, שעם סיומו שימש כמ"מ (מפקד מחלקה). 
כמפקד, נתנאל ידע להיות קשוח ורציני אך גם קשוב ומכיל, הציב לחייליו סטנדרטים גבוהים, החדיר בהם מוטיבציה ועודד אותם לשאוף למצוינות. תחת פיקודו, הבינו החיילים שכל משימה, גם אם היא נראית שולית, היא בעלת ערך משמעותי ומהווה חלק ממכלול הפעולות המובילות להצלחה. 
הוא המשיך להתקדם במסלול הפיקוד ומונה לסגן מפקד פלוגה.

ב-2010 נשא את שרית לאישה. שנה לאחר מכן השתחרר מצה"ל, אחרי שהשלים שירות קבע של שנתיים.
נתנאל ושרית התגוררו בחיפה, בקריית שמואל, והביאו לעולם חמישה ילדים – ענהאל, אבישג, טליה, אביעד ואביתר. נתנאל היה אב אוהב ומסור, מחנך ומלמד, שדחף את ילדיו להגשמת חלומותיהם והיה מוכן להפוך עולמות למענם. 

ילדיו ראו את אביהם במדים לעיתים תכופות והוא תמיד הסביר להם שזו זכות גדולה לשרת בצבא ולהגן על המדינה. שירות המילואים היה חלק בלתי נפרד מחייו, והוא המשיך להתקדם במסגרתו, יצא לקורס מ"פים (מפקדי פלוגות), ובהמשך גם לקורס מג"דים (מפקדי גדודים). אחריו שובץ בחטיבת גבעתי בתפקיד משביח גדודים.

ב-2018 הועלה לדרגת רב-סרן וקיבל את אות מצטיין הרמטכ"ל.

בתפקידו האחרון שימש כמפקד גדוד 630 באוגדת עזה, אשר נותן מענה לכל צרכי החטיבה בשגרה ובחירום ומתמקד בהגנה על היישובים הסמוכים לגבול הרצועה. נתנאל טיפח את הגדוד, הראה אכפתיות ועניין אמיתי בחייהם של חייליו והכיר כל אחד מהם. בדרכו הייחודית, הצליח להפוך את הגדוד למשפחה מבלי להתפשר על המקצועיות, יצר סביבו מערכת משומנת היטב ובנה תשתית חזקה מאוד ללחימה. חייליו אהבו והעריצו אותו ונתנו בו את מלוא אמונם.
במסמך המפרט את חזונו עבור הגדוד, כתב: "פיקוד באהבה ובאמונה – להוות אוזן קשבת לכל חייל ולטפל בכל בעיה ומתוך כך עשייה באמונה של כל משימה. מקצועיות – הקפדה על קלה כחמורה, דרישות גבוהות מפקודינו ומעצמנו. 

"מפקדים מקשיבים, דורשים ומכילים – כל שיחה ומפגש עם חייל היא עולם ומלואו, נצל אותו! מסגרות מפרות ועוזרות – למידה והדדיות בין הפלוגות, תחרות בונה ולא מרפקים!... צניעות ועשייה – 'אמור מעט ועשה הרבה' – מתוך העשייה ינועו החיילים אחריך".

במקביל לשירות המילואים האינטנסיבי, גילה נתנאל כישרון ותשוקה לעולם הבישול והתחיל לעבוד בתחום מיד לאחר השחרור. במשך קרוב לעשר שנים ניהל עסק עצמאי של קייטרינג לאירועים פרטיים, כשהוא מביא עמו לכל אירוע טעמים, איכויות ואסתטיקה ברמה של מסעדות יוקרה.

ב-2021 החל לעבוד כשף תפעולי במסעדת "לוטה", השוכנת במלון "גלי כנרת" בטבריה. במלון סיפרו שמדי בוקר נהג להגיע למנהלת המלון ולתת לה לטעום מצלחת מטעמים שהכין, וכשסיימה לאכול בהנאה, הודיע לה שזה יהיה התפריט למחר. כך, יצר מדי יום תפריט חדש, מלהיב ויצירתי, והפך את המקום לשם דבר.

ביולי 2023 נפטרה אימו של נתנאל, עמה היה לו קשר קרוב מאוד. בפוסט בו פרסם את מודעת האבל שלה כתב: "אמא שלי! הלביאה שלי! השארת לי חור בלב בצורה שלך. אוהב לנצח".

נתנאל היה אדם צנוע, שמח וחייכן, שמעולם לא התלונן ותמיד דאג לזולת. קרוביו מספרים שבכל מפגש חברתי או משפחתי, הוא היה האחרון לעזוב, כיוון שעזר למארחים לנקות ולסדר אחרי כולם. הוא אהב אנשים, הקשיב ועזר לכל אדם שפגש בדרך, ולא משנה מה היו דעותיו או אמונותיו של האחר – ידע תמיד למצוא את נקודת החיבור ולאחד לבבות. 

בשבת כ"ב בתשרי, שמחת תורה תשפ"ד, 7 באוקטובר 2023, בשעה שש וחצי בבוקר, פתח ארגון הטרור חמאס במתקפת פתע על ישראל. בחסות ירי מסיבי של טילים ורקטות מרצועת עזה לאזורים נרחבים בארץ חדרו אלפי מחבלים – יבשתית, ימית ואווירית, והחלו במתקפה רצחנית על יישובי עוטף עזה ועל שדרות, אופקים ונתיבות, על מְבַלי מסיבות טבע סמוך לקיבוצים רעים ונירים, על בסיסי צה"ל ועל העוברים בדרכים באזור. המחבלים רצחו כשמונה-מאות אזרחים בבתיהם, במכוניותיהם, אחרי שביצעו בהם פשעים כבדים. חטפו לרצועת עזה מאות ישראלים והחריבו, בזזו והעלו באש בתים ורכוש. מאות חיילים, שוטרים, אנשי כוחות הביטחון וחברי כיתות הכוננות המקומיות נפלו בקרב. בבוקר זה החלה מלחמה.

נתנאל, שהיה מפקד גדוד 630 של אוגדת עזה, קיבל בבוקר המתקפה שיחת טלפון מחייל בגדוד שגר סמוך לגבול הרצועה. החייל דיווח לו כי מתרחש אירוע חריג. נתנאל ניסה להשיג את מפקדו, אל"מ אסף חממי, שבדיעבד התברר שכבר לא היה בחיים. אחרי שדיבר עם חמ"ל האוגדה והבין את חומרת המצב, החליט נתנאל להקפיץ את כל הגדוד עוד לפני קבלת צו. החלטה זו התבררה מאוחר יותר כמצילת חיים. 

הגדוד של נתנאל היה מהכוחות הראשונים שהגיעו לאזור, ומיד החלו ללחום ביישובים עד לטיהורם ממחבלים. לאחר שהלחימה ביישובים שככה, עסקו במשימות הגנה שונות ביישובים, כיוון שבהגדרתם שימשו כגדוד הגנה. 

נתנאל, שידע שיש לו גדוד של לוחמים אמיצים ואיכותיים, הפציר במפקדיו להפקיד בידי הגדוד משימות התקפיות בתוך רצועת עזה, ולאחר מספר חודשים הצליח לשכנע את מקבלי ההחלטות. הגדוד נכנס לתמרון בעיר חאן יונס שבדרום הרצועה, ביצע עבודה מדהימה וגרף מחמאות רבות.
במהלך המלחמה הועלה נתנאל לדרגת סגן אלוף. הוא הוביל את חייליו במקצועיות, באומץ ובגבורה ונהג לומר: "אני המפקד, אני ראשון, אם משהו יקרה – יקרה לי, לא לכם".

חיילים ומפקדים בגדוד סיפרו שלאורך כל הלחימה, הקפיד להחמיא ללוחמים, פרגן להם ואמר להם שהם עושים עבודה מצוינת ושימשיכו כך. בסרטון שצולם בשטח ימים בודדים לפני נפילתו, נראה נתנאל משוחח עם חייליו ואומר להם: "גאה לפקד עליכם ולהוביל אתכם, עשינו פה קרב מטורף... המאמץ הזה הוא לא פשוט אבל הוא חשוב והכרחי. עשיתם אותו בצורה מדהימה. שאפו גדול, אוהב אתכם".

ביום שני, 12.2.2024, היה הגדוד בעיצומה של פעילות מבצעית נוספת, בעיירה עבסאן אל-כבירה שבפאתי חאן יונס. במהלך הפעילות, נפגע נתנאל בפיצוץ ונהרג. איתו נהרגו שני לוחמים נוספים.

סגן אלוף נתנאל יעקב אלקובי נפל בקרב ביום ג' באדר א' תשפ"ד (12.2.2024). בן שלושים ושש בנופלו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי בחיפה. הותיר אחריו אישה, חמישה ילדים, אב ושתי אחיות.

אשתו, שרית, ספדה לו: "אנחנו ביחד מגיל שבע-עשרה, הוא כל החיים שלי. אבא מדהים לילדים שלנו שתמיד שם אותנו בראש סדר העדיפויות. הוא היה טוטאלי בכל מה שעשה – בצבא, בעבודה ובמשפחה. תמיד הכול על מאה אחוז, לא פחות... אנחנו המומים, כואבים ועצובים, אבל כמה אנחנו גאים בך אהובי. לפני שלושה חודשים הועלית בדרגה לסגן אלוף, עבורנו היית מזמן אלוף ותישאר אלוף.
גם אם הייתי צריכה לבחור מחדש, בידיעה שאלה יהיו רק תשע-עשרה שנים יחד והן ייגמרו ככה, הייתי בוחרת בו שוב ושוב".
קודמו בתפקיד ספד לו: "החלפת אותי בפיקוד על הגדוד ומהר מאוד זה כבר הפך להיות 'הגדוד של נתי'. ראיתי מהצד איך אתה מעיף את הגדוד למעלה למעלה וכל כך שמחתי שבחרתי בך להחליף אותי. ידעתי שתצליח. 
"והנה, דווקא עכשיו, כמה ימים לפני השחרור, נפלת במשימת איכות שכל כך רצית. היית קצין מעולה, בלטת במהירות מעל לכל השאר. הגדוד חטף מכה קשה, אבל בנית גדוד חזק. אני בטוח שתישאר לנצח חלק מהמורשת של הגדוד. באהבה ובהערצה עצומה".

נתנאל מונצח באנדרטה לנופלים בני שכונת קריית שמואל בחיפה ובאנדרטה לנופלים בני קריית ים. בגן "עץ החיים" בקריית ים ניטע עץ לזכרו.
לבית הכנסת בו התפלל נתנאל מנעוריו הוכנס ספר תורה לעילוי נשמתו.

אביו של נתנאל פרסם ספר פיוטים שנתנאל אהב, ואחותו הרבנית הוציאה לזכרו את הספר "לוחמת הרוח" ובו פרקי חיזוק לנפש השבורה.

האב גם התנדב לתפקיד יו"ר יד לבנים בקריית ים, ועוזר להנציח ולחזק משפחות שכולות, בין היתר בהפצת סטיקרים עם משפט שאפיין את נתנאל: "עושים הכי טוב עוד קצת ומעבר, כי אין לנו ארץ אחרת".

גיסתו של נתנאל, המוזיקאית מאיה בן אלי, הוציאה לזכרו שיר בשם "לאורך". השיר זמין לצפייה ביוטיוב.

סרטון לזכרו של נתנאל הופק על ידי בית החולים "רמב"ם – הקריה הרפואית לבריאות האדם" בחיפה, מקום עבודתן של אשתו ושל אימו. בסרטון מספר על נתנאל מי שהיה מפקדו, והוא זמין לצפייה ביוטיוב תחת השם: "מפקדים מספרים על הלוחמים שנפלו במערכה, לזכרם – סא"ל (במיל') נתנאל יעקב אלקובי".
בתיכון "לוינסון" בקריית ים, בו למד נתנאל, הוקם חדר הנצחה בשם "בית המג"ד" - מרכז לפיתוח מנהיגות על פי ערכיו ומידותיו של נתנאל כנער, כחייל, כמפקד וכאזרח. במקום מועברים שיעורים להקניית ערכיו ומורשת הקרב שלו לתלמידים. מסע ניווטים נערך לזכרו, בהובלת המדריך שאימן אותו לקראת הגיוס.

באינסטגרם נפתח עמוד הנצחה לנתנאל, תחת השם remember_natielkouby.

עמודים נוספים לזכרו נפתחו באתרים "למלא את החלל", story of my life ו-memoriz.plus.