בנם של אסתר וציון. נולד ביום ב' בתמוז תרצ"ב (6.7.1932) בטריפולי בירת לוב.
כשפינחס היה בן שבע פרצה מלחמת העולם השנייה. עקב ההפגזות הקשות של בנות הברית את העיר טריפולי, נאלצו יהודי טריפולי ובכללם פינחס ומשפחתו לברוח מהעיר. לאורך כל שנות המלחמה, הם נאלצו לנדוד בשדות ובכפרים במרחבי לוב, עד שלבסוף גורשו לתוניס עד תום המלחמה. שנים קשות אלו, של מלחמת קיום והישרדות, והשנים שלאחריהן, עיצבו את רוחו של פינחס אשר נאלץ להילחם על ערכיו ובריאותו, בעקשנות ובאומץ עד סוף ימיו.
לאחר המלחמה, החל פינחס להשלים במהירות את שנות הלימוד שהוחסרו, והוא התגלה כבעל תפיסה מהירה וזיכרון חד. קרוביו מעידים עליו שהיה ילד סקרן וצמא ידע, אשר בילה שעות רבות בקריאת ספרים, עד שאביו היה דוחק בו לצאת לשחק עם חבריו.
באותה תקופה הצטרף פינחס לתנועת הנוער הציונית בטריפולי. רוח הגבורה והחלוציות שנשבה מארץ ישראל לטריפולי, בשנים של המאבק להקמת המדינה, השפיעה עליו רבות.
לאחר הפרעות הקשות שביצעו ערבים ביהודים בשנת 1945, החלו פינחס וחבריו לקנות כלי נשק וחומרי חבלה להגנה עצמית. פינחס קנה לעצמו אקדח ולעדות קרוביו היה שותף להתארגנות שמירה וסיורים בלילות, על גגות הבתים. צעד אחר צעד הם למדו כיצד להכין פצצות מחומרים אשר הוכנו בביתם, תוך שאביו שהיה מודע הסכים לכך בשתיקה.
בניסיון הנוסף של פורעים ערבים לבצע טבח ביהודים בשנת 1948, השיבו היהודים מלחמה שקטעה את ההתפרעויות בעודן באיבן.
בשנה שקדמה להקמת המדינה, עשה פינחס מאמץ גדול לעלות לארץ בעלייה לא לגאלית, תוך שהוא מנסה לצאת מלוב דרך הים. לאחר מספר ניסיונות שכשלו, כשבחלקם הוא נתפס ונעצר, עבר חקירות קשות מלוות בעינויים. לבסוף, הוא הצליח להתגנב לאוניה שהפליגה לרומא, תוך מתן שוחד לאחד מאנשי הצוות שהסתיר אותו בחדר הקירור. במהלך ההפלגה הוא התגלה על ידי רב החובל, שדיווח עליו לשלטונות החוק בנאפולי, איטליה. בתחילה הוא לא הורשה לרדת מהאוניה בחוף באיטליה. בעצת אחד המלחים שתה טבק וכתוצאה מכך עלה חום גופו למעל ארבעים מעלות, הוא שקע בהזיות והיה נתון בסכנת חיים. עקב כך, הוא הורד לחוף והוחזק בבית הסוהר בהמתנה לגירוש חזרה לטריפולי. לאחר תלאות רבות, בהתערבות הג'וינט, הוחלט לגרשו, כבקשתו, מאיטליה לישראל, אליה הוא הגיע בנובמבר 1948, בהגשימו את חלום חייו.
מציאות החיים בארץ, בשנתיים הראשונות לעלייתו לארץ, הייתה קשה מאוד. לבד, ללא קורת גג לראשו, מבלי שהיו לו מכרים. בלילות ישן בגינות ציבוריות ובאוטובוסים, כשהוא חווה קשיים פיזיים ונפשיים גדולים. למרות זאת, רוחו לא נפלה. צעד אחר צעד הוא החל לחסוך כסף תוך קשיים גדולים, עד שהחל להתבסס בארץ. על אף קשייו הרבים, הוא שלח באותה תקופה מכתבים מרגשים להורים ולמשפחה, בהם קרא להם להצטרף אליו.
בגיל שמונה-עשרה התגייס פינחס לצה"ל והיה בן המחזור הראשון של חטיבת הנח"ל. ביחד עם חבריו החיילים הם הקימו בידיהם את מחנה 80, בסיס הטירונים של הנח"ל.
לאחר שסיים את פרק ההכשרה הצבאית, הם הוצבו בקיבוץ גזר, תוך שהם מהווים כוח מגן לקיבוץ ולמושבי האזור ושותפים למשימות הקיבוץ. במסגרת זו הוא שימש כרועה צאן ואף זכה לכתבת שער בעיתון "במחנה" (בתאריך כ"ב בחשוון תשי"א, נובמבר 1950) שבה סיפר על פעילותו בחטיבת הנח"ל.
אחרי שהשתחרר מהצבא, פינחס התחתן עם תמר בת זוגו. הם התגוררו בבני ברק ונולדו להם בנותיהם מינה ומירי ובנם ציון.
עקב שירותו במבצע קדש, בכיבוש חצי האי סיני, נפגע פינחס והוכר כנכה צה"ל. מצבו החמיר עם השנים עד שבשנותיו האחרונות הוא היה משותק בכל גופו.
על אף הקשיים הפיזיים והנפשיים שחווה במשך עשרות שנים, פינחס מעולם לא ויתר. הוא היה בן זוג ואבא אוהב ומסור. חלק עם משפחתו את אהבתו הרבה למדינה ולאתוס הציוני. הוא היה מחובר מאד להוויה הארצישראלית המתחדשת, היה בקי בסיפורי המחתרות ומלחמות ישראל. אהב מאוד את הזמר העברי ושירי מולדת, אהב לתור את הארץ בחברת ילדיו בטיולים רבים מלאי חוויות.
פינחס נודע כאדם סקרן מאוד ואוטודידקט, שראה חשיבות רבה בטיפוח ההשכלה הכללית. אהב מאוד ללמוד, לחקור ולהעמיק בכל נושא שעניין אותו והיה בעל ידע נרחב בתחומים מגוונים. בכל ימיו הוא דחף את ילדיו והסובבים אותו ללמוד, להעמיק והיה נענה בשמחה לכל שיחה של תוכן ומשמעות. היו בו צדדים מעשיים מאוד לצד עולם רוחני משמעותי. היה מחובר בקשר עמוק לבורא עולם ונהג להתפלל ולקיים את המצוות בהקפדה, תוך שהוא מראה לילדיו דוגמה טבעית ובריאה לחיי אמונה פשוטה.
פינחס היה קשור בעבותות של אהבה להוריו ואחיו. בשנת 1954 הוא יזם רכישת שטח ובניית בית עליו, בשותפות עם אחיו. בבית זה, התגוררה משפחתו באחווה ושכנות טובה עשרות שנים, עם ארבע משפחות של הוריו ואחיו.
פינחס, דור ראשון לשבי ציון, ידע להעריך ולהוקיר את גודל הזכות, ומנגד האחריות, במעבר האומה מגלות לגאולה. סיפור חייו, כתבו אוהביו, מקפל בתמציתיות את סיפורו של העם. באישיותו התווה לסובבים אותו דרך חיים, ערכי משפחה וערכי עם. גופו המוחלש נשא בתוכו נשמה גדולה ותעצומות נפש המהווים השראה לממשיכיו.
פינחס כהן נפטר ביום י' בתמוז תשס"ז (26.6.2007), בן שבעים וחמש בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין "ירקון" בפתח תקוה. הותיר אחריו אישה, שתי בנות, בן ואחים.
על מצבתו כתבו אוהביו: "אמונתו ודרך חייו היו מסע התגברות הרוח על מגבלות הגוף".