בן אסתר ואברהם יעקובסון. נולד ביום כ"א בכסלו תרצ"א (11.12.1930) בעיר פולטבה שברוסיה (כיום באוקראינה) שעל קו מסילת הרכבת בין חרקוב לקייב.
בהיותו בן שנה עלה עם אימו לארץ, והם התיישבו בפתח תקווה. בגיל שלוש העבירה אותו אימו לבית יתומים בירושלים, שם שהה כשלוש שנים.
את לימודיו היסודיים עשה במסגרת פנימייתית שיועדה לבני עולים חדשים, ברחוב מזא"ה בתל אביב. כבר אז בלטה נטייתו המוזיקלית, שבאה לידי ביטוי בשירתו הצלולה ובחזרה על מנגינות שהכיר. מנהל בית הספר ששמע את זמירותיו, מינה אותו לחזן בית הספר.
בתום שמונה שנות לימוד חזר לבית אימו בפתח תקווה, והחל לעבוד בחנות חשמל.
בשנת 1947, בהיותו בן שבע-עשרה וחצי, ביקש להתגייס לפלמ"ח – פלוגות המחץ של ארגון ה"הגנה", הכוח הצבאי של המדינה שבדרך בתקופת שלטון המנדט הבריטי. כבן יחיד נדרש לקבל את הסכמת אימו, ומשסירבה לאשר לו זאת, ברח מהבית והתגייס.
כנהוג באותם הימים, התבקש על ידי מפקדיו לקצר את שם משפחתו, ולפיכך שינה את השם מיעקובסון ללוי.
את הכשרתו כלוחם עשה עם פלוגת טירוני הפלמ"ח בסדום, סמוך לחופי ים המלח.
עם פרוץ מלחמת העצמאות (נובמבר 1947) הועבר לחטיבת "הראל" שלחמה באזור ירושלים, והוצב בגדוד הרביעי – "הפורצים". הגדוד, שהורכב מהיחידות המיוחדות בפלמ"ח, פרץ את הדרך לירושלים הנצורה במבצע "נחשון" (5–6 באפריל 1948), ופעולתו הוגדרה כנקודת מפנה במלחמה. בסיס הגדוד שכן בקיבוץ קריית ענבים שבהרי ירושלים.
רפאל לחם כחייל מן השורה בקרבות לטרון, בקרב על מנזר סן סימון שבשכונת קטמון (מבצע "יבוסי", אפריל–מאי 1948), ובקרבות נועזים אחרים לשחרור ירושלים.
שלושה ימים לפני כניסתה לתוקף של ההפוגה הראשונה במלחמה (יוני 1948), נפצע בקריית ענבים במהלך הפגזה, ואיבד את רגלו הימנית. הוכר כנכה צה"ל ושוחרר משירות.
לאחר שהחלים מפציעתו הקשה, החל לשקם את חייו. משקיבל אישור לרכישת מונית, עבד כנהג בחברת המוניות "קסטל".
חרף נכותו לא נרתע מעבודה קשה – גם כזו שדרשה מאמץ פיזי - והקים עסק עצמאי להובלות. רכש משאית וטנדר, וקיבל זיכיון להפצת העיתון "מעריב" בירושלים ובחיפה.
עם הזמן קנה רכב הסעות והסיע אומנים להופעות. אחת מנוסעותיו הקבועות הייתה הזמרת יפה ירקוני, הזמרת המובילה בארץ בשנות החמישים והשישים, שלא נרתעה מלהופיע בחזית הקרבות בפני החיילים.
מאוחר יותר שימש סַדָּר דפוס ביחידת "המדפיס הממשלתי" של משרד האוצר – היחידה שביצעה את הפקות הדפוס של משרדי הממשלה, ובהמשך הוביל את הפרסומים שהוציאה לאור.
את דינה, בחירת ליבו, הכיר באגף השיקום שבמשרד הביטחון, שם עבדה כפקידה. אהבתם העזה גברה על המהמורות שניצבו בדרך, וכאלה היו לא מעט. בחלוף שבע שנות חברות, והוא כבן שלושים, נישאו. תחילה התגוררו בתל אביב, ברחוב אבן גבירול, ולאחר מכן השתקעו בגבעתיים. בנם יואב נולד בשנת 1961.
רפאל – רפי או רפול, כפי שכונה בפי אוהביו - היה בן זוג אוהב ואב מסור שטובת משפחתו עמדה תמיד לנגד עיניו. מעולם לא ראה בנכותו מגבלה, לא התבייש בה, ובטבעיות רבה לקח את בנו לים ולבריכה. לימים, נהג להגיע למרכז השיקום שבבית החולים "שיבא" בתל השומר כדי לעודד נכי צה"ל ולהוכיח להם כי אפשר לחיות – ואף לחיות היטב – למרות הנכות.
בשנת 1993 נפטרה רעייתו האהובה. זמן מה לאחר מכן הכיר את בתיה, בשידוך שנזקף לזכות הספרית שלה, ובמהרה ההיכרות הפכה לפרק שני של זוגיות. "רפי היה בן זוג דואג ונדיב," סיפרה, "נהנה מנכדיו והרעיף עליהם חום ואהבה. הוא הִרבה לקרוא ספרים וכאוטודידקט לימד את עצמו והשלים את השכלתו הכללית. הוא אהב את החיים ורצה לחוות כמה שיותר חוויות. טיילנו הרבה וראינו עולם."
ימיו של רפאל היו גדושי פעילות מסוגים שונים. הוא התנדב למשטרת ישראל, שירת ב"משמר האזרחי", ואף קיבל סמכויות של שוטר תנועה המוסמך לחלק דוחות לנהגים. בכל חודש הקדיש שעות רבות לשמירת ביטחון האזרחים והנהגים, וראה בכך שליחות.
את מרבית זמנו ומרצו השקיע בפעילויות ספורט, חברה ותרבות ב"בית הלוחם" של ארגון נכי צה"ל. הוא התאמן בשחייה, הצטיין בענפי הקליעה למטרה באקדח, רובה וחץ וקשת, השתתף בתחרויות וזכה במדליות. גילה גם את חדוות היצירה, נרשם לחוג צורפות, ונהנה להעניק לבתיה תכשיטים עדינים ויפהפיים שהכין במו ידיו.
לאור מעורבותו הרבה בפעילות "בית הלוחם", צורף למשלחת שהוציא הארגון לארצות הברית לצורך ביקורי משפחות. באישיותו הנעימה ובדרכו הבלתי אמצעית יצר שם קשרים הדוקים ואלה הובילו לידי ביקורים הדדיים.
אהבתו למוזיקה קלאסית, שניכרה עוד בילדותו, ליוותה אותו כל חייו. רפאל נהג לשיר אופרות שלמות, והִרבה לצאת עם בתיה למופעי אופרה ולקונצרטים של חזנות. עד סוף ימיו שר במקהלת "בית הלוחם".
רפאל לוי נפטר בערב יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, א' באייר תשס"ה (10.5.2005), והוא בן שבעים וחמש. הוא הובא למנוחות בבית העלמין "נחלת יצחק" שבגבעתיים, שם נטמן לצד דינה, רעייתו הראשונה. הותיר אישה, בן ונכדים.
על מצבתו כתבו בני המשפחה: "לוחם, גיבור, תומך ומתנדב. בעל, אב וסב למופת. דוגמה לאדם ולאזרח."
רפאל הונצח באתר האינטרנט של הפלמ"ח.