בנם הבכור של חומה ואבינועם. נולד ביום י"ז בתמוז תשכ"ה (17.8.1965) בקיבוץ גבים שבנגב. אח לאוריה ורעות.
שגיא התבונן על העולם וקלט באמצעות חושיו המחודדים את כל הנחוץ לו על מנת לחיות נכון.
כשהיה בכיתה א' נאלץ להרכיב משקפיים, דבר שמאד הקשה עליו, אך מאותו רגע למד לקרוא במהירות והיה לתלמיד מצטיין.
היה ילד גבוה וברוך כישרונות ויכולות אומנותיות כגון פיסול, עד היום נותרו פסלים מעשה ידיו מכיתה ד'. בילדותו ניגן בתופים ובגיל מבוגר חזר לאהבתו לנגינה ולמד לנגן בגיטרה בס באופן עצמאי מול המחשב. מאוחר יותר הקים להקה אותה אהב והופיע עם חברים.
כשהיה כבן שתיים עשרה, משפחתו עזבה את קיבוץ גבים והעתיקה את מגוריה לחווה חקלאית בעכו. בבית סייע בטיפול באחותו הקטנה.
שנתיים לאחר מכן עברה המשפחה להתגורר במושב גן יאשיה, בו היה שותף פעיל בהקמת המשק המשפחתי ולמרות ההתמודדות הלא קלה, עשה זאת במלוא האחריות והאכפתיות. כנער עבד בעבודות מזדמנות בחקלאות במושב והשתכר לצרכיו.
בהיותו כבן חמש עשרה וחצי המשפחה עברה לגור בפיליפינים בעקבות עבודת אביו. שגיא השתלב בקלות ובמהירות בבית הספר הבינלאומי בזכות שליטתו הטובה בשפה האנגלית. בפעילות הספורט בבית הספר היה בנבחרת הכדורסל ונסע איתה לתחרויות ביפן.
את לימודי התיכון סיים בפיליפינים ואף השתתף בטקס הסיום המיוחד בבית הספר. עם שובו ארצה המשיך בלימודיו בתיכון ברופין וסיים אותם בהצלחה.
משפחתו מספרת על אישיותו שהיה חכם, נבון ו"ממזרי" ואהוב מאוד.
שגיא התגייס לצה"ל בשנת 1983 לקורס חובלים, הוא עזב את הקורס ועבר לשרת במודיעין קרבי. במסגרת מסלול זה סיים קורס קצינים ושירת כקצין במוצב הר דב ברמת הגולן. בהבנתו העמוקה והמפוקחת את גזרת סוריה סייע בפיתוח כלים חדשניים, הצעותיו הגיעו לדרגות הבכירות בצה"ל.
בתום שירותו הצבאי נסע לטיול הגדול בדרום אמריקה, טיול של כחמישה חודשים, במסגרת טיול זה פגש את בני משפחתו הגרים בארגנטינה. ביכולותיו הגבוהות לקליטת שפות רכש גם את השפה הספרדית על בוריה, נוסף על שש השפות אותם ידע.
בשנת 1990 החל לעבוד בשירות הביטחון הכללי. עבר הכשרה מקצועית ארוכה והוצב במחלקת השטח של חטיבת שומרון כרכז, תפקיד בו שירת שמונה שנים.
בשנת 1992 נישא ונולדו להם ארבעה ילדים אורי-מרדכי, הילי, איתי-יוסף ורון. ילדיו היו עולמו הוא אהב אותם בכל ליבו והשקיע בהם רבות.
בסיום תפקידו המורכב והמאתגר בחטיבת שומרון, יצא לקורס קציני ביטחון והוצב בבלגיה בבריסל לתקופה של שלוש שנים.
עם שובו ארצה לאחר סיום שליחותו, בתקופת אינתיפאדת אל אקצא, ימים בהם הטרור הערבי השתולל והיו אבידות רבות בנפש לישראל, שגיא עבד במגוון תפקידי שטח בחטיבת שומרון ולאחר מכן בחטיבת יהודה.
משנת 2007 חלק את חייו עם בת זוגו מאיה ושלושת ילדיה אלין, איתי ואידן בישוב קדימה צורן, שם הם בנו את ביתם החדש.
עבודתו בשירות היתה חלק ניכר וחשוב מחייו, והוא השקיע בה את כל כולו, שמר על רמת מקצועיות גבוהה והישגים רבים. במהלך עבודתו יצא לשנת לימודים.
בתפקידו האחרון היה רכז במחלקת השטח של האגף לענייני ישראל וזרים עד לפטירתו הפתאומית.
שגיא שמעוני נפל בעת שירותו ביום כ' באב תשע"ט (21.8.2019). בן חמישים וארבע בנפלו. הובא למנוחות בחלקה הצבאית בבית העלמין במושב גן יאשיה. הותיר אחריו בת זוג, ארבעה ילדים שלושה בנים ובת, הורים, אח אחות.
שגיא מונצח באתר הזיכרון של קהילת המודיעין בגלילות.