בנם של רחל וחיים. נולד ביום כ"ז בתשרי תשל"ב (16.10.1971) ביפו.

מרדכי (מוטי) גדל והתחנך ביפו, למד בבית הספר היסודי "ויצמן" ובתיכון "עירוני ז'" בעיר.

כנער, היה חניך בתנועת הנוער "הצופים" והתנדב במשמר האזרחי.

ביולי 1990, עם סיום לימודיו בתיכון, התגייס לצה"ל ושירת כלוחם ביחידת המסתערבים המובחרת "שמשון". החיים ביפו, לצד ערביי העיר, היוו עבורו יתרון כיוון שדיבר ערבית על בוריה, הכיר היטב את התרבות הערבית ואת ההתנהלות המקובלת בה. יתרון נוסף רכש בזכות אחיו, שמואל, אשר עסק בתחומי האומנות והבניין והעסיק באותה תקופה עובדים מעזה. גם מהם למד מרדכי רבות על התרבות הערבית ובעיקר על החיים ברצועת עזה, שהייתה אז בשליטת ישראל והוא פעל בה רבות במסגרת תפקידו.

מרדכי פרח בזמן שירותו הצבאי. הוא אהב מאוד את התפקיד, השתתף במבצעים מוצלחים רבים, שאף לבצע כל משימה על הצד הטוב ביותר והצליח לבלוט בביצועיו וביכולותיו. במהלך השירות התקדם לדרגת סמל.

ב-13.10.1992 יצא עם חבריו למשימה ללכידת מבוקש בכיר בעיר חאן יונס שברצועת עזה. במסגרת המשימה הסתנן הצוות לתהלוכה מקומית, במהלכה זיהו את המחבל ודלקו אחריו. בחילופי האש נפגע מרדכי משלושה קליעים ונפצע אנושות. שני חבריו סוככו עליו והגנו עליו בגופם מפני ההמון הזועם שנכח במקום, עד שחולצו.

מרדכי הובהל לבית החולים "סורוקה" בבאר שבע והיה מחוסר הכרה במשך כשבועיים. אחרי שחזר להכרה והתחזק, עבר למחלקת השיקום של בית החולים "שיבא - תל השומר" ברמת גן, ולאחר שיקום קשה שנמשך כשנה, שוחרר לביתו כשהוא מרותק לכיסא גלגלים.

על אומץ הלב שגילו, קיבלו מרדכי וחבריו צל"ש (ציון לשבח) מאלוף פיקוד הדרום, אשר נימק את בחירתו בהם כך: "הנני מציין לשבח את הדבקות במשימה ואת חירוף הנפש שגילו, כאשר הצוות פעל בין סמטאות חאן יונס. לפתע הבחין הצוות במחבל חמוש, ועל אף התנאים הקשים והעובדה שהצוות היה מוקף בקהל עוין וזועם, הוא דבק במשימתו, רדף אחרי המחבל ופגע בו... השלושה גילו נחישות ואומץ לב תוך כדי חירוף נפש".

מרדכי התמודד עם פציעתו באופן מעורר השראה ולמרות מצבו הקשה, ידע תמיד לראות את הטוב. "לא משנה איך, לא משנה למה, לא משנה כמה, אבל אתה חי", אמר בריאיון. "אתה לא מת. אתה אמרת שלום, אתה התעוררת, אתה חי. פשוט חי".

הוא המשיך לשקם את חייו, ובמקביל לטיפולים השוטפים שעבר, שיפר את ציוני הבגרות שלו, למד משפטים ומנהל עסקים והעביר הרצאות לחיילי צה"ל.

בנוסף, עבר להתגורר בדירה משלו, והסביר: "רציתי להתמודד עם המציאות. ידעתי שאני לא אוכל להגיע לעצמאות אם אני אהיה בחיק המשפחה או אצל ההורים. הייתי חייב להילחם על מקסימום העצמאות שלי, אם זה לגשת לשלט ולהעביר תחנות, ממש כל הפרטים הכי קטנים".

בפברואר 1999, אחרי סדרת ניתוחים שממנה לא הצליח להתאושש, הלך מרדכי לעולמו.

מרדכי (מוטי) בר-ששט נפטר מפגיעה בעת שירותו ביום ג' באדר תשנ"ט (19.2.1999). בן עשרים ושמונה במותו. הובא למנוחות בבית העלמין הצבאי הר הרצל בירושלים. הותיר אחריו הורים ואחים.

לאחר מותו הועלה לדרגת סמל ראשון.

חברו לשירות, ערן, כתב: "אח יקר שלי, זכות גדולה הייתה לשרת איתך. השארת כאב עצום, חור בלב".

"חברי לספסל הלימודים", כתב יגאל, "חבר מיוחד, תמיד נכון לעזור, תמיד צנוע בהליכותיו, תמיד מתעניין בחבריו, גם לאחר פציעתו הקשה. מתגעגע אליך וחושב עליך רבות".

מרדכי מונצח בגן הבנים בתל אביב-יפו ובבית "יד לבנים" בעיר, באתר ההנצחה לחללי חטיבת "כפיר" בעפולה ובאתר ההנצחה לחללי יחידת "שמשון" בכפר הנוער "עיינות".

הוא מונצח באתר האינטרנט של עמותת גדוד שמשון.

אחיו של מרדכי, שמואל, יצר אנדרטה לזכרו שהוצבה בתיכון "עירוני ז'" ביפו. מרדכי מונצח גם בקיר הזיכרון לנופלים בוגרי בית הספר.

אמבולנס ממוגן נתרם לארגון ההצלה "מגן דוד אדום" לזכרו של מרדכי.