בנם של רחל וניסים. נולד בשנת תרפ״ח (1928) בטבריה.

עמנואל גדל והתחנך בטבריה. למד בבית הספר ״אליאנס״ והמשיך למסלול ישיבה תיכונית. היה מחובר מאוד לדת והקפיד על לימוד תורה.

בילדותו נהג לשחק בכדורגל עם ילדי השכונה. הילדים גם נהנו, סיפרו בני המשפחה, להציק לחיילים הבריטים ששהו אז בארץ, בתקופת שלטון המנדט הבריטי.

כבר כנער נהג עמנואל להתגנב למחנות של הצבא הבריטי, לגנוב משם נשק וציוד ולהעבירו לפעילי מחתרת "ההגנה". בהמשך, בהגיעו לגיל המתאים הוא התגייס לפלמ״ח, פלוגות המחץ של ההגנה.

בשנת 1948, עם פריצתה של מלחמת העצמאות הצטרפה יחידתו לצה"ל ומלוחמיה הוקמה חטיבת "יפתח". עמנואל נלחם עם יחידתו בקרבות לכיבוש העיר צפת והיישוב עין זיתים.

עם השלמת המשימה, המשיך הכוח להגנה על הקיבוץ עין גב, ושם נתקלו בהתקפת מרגמות מהחזית הסורית. עמנואל נפצע בהפגזה הסורית באורח אנוש, הועבר בסירה לבית חולים בטבריה ומיד אחר כך לבית חולים בילינסון בפתח תקווה, שם הצליחו אחרי ניתוח מורכב להציל את חייו.

עמנואל התמודד עם פגיעה מוחית שהובילה לשיתוק פלג גופו השמאלי. בעקבות הפציעה הוכר כנכה צה״ל 100%+.

מספר שנים לאחר מכן הכיר את דינה, עולה חדשה ממרוקו והשניים נישאו והקימו את ביתם בטבריה. נולדו להם שני בנים, אותם אהב מאוד.

בעירו טבריה היה עמנואל מוכר ואהוד כל חייו, בנו סיפר כי לא פעם זכה לשמוע מוותיקי העיר: "אתה לא יודע מי היה האבא שלך!"

כשבנו עוזי בגר ונישא, זכה עמנואל להכיר נכד: עמית.

עמנואל עקנין נפטר ביום ו' בתשרי תשס"ו (9.10.2005). בן שבעים ושבע בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין בטבריה. הותיר אחריו שני בנים ואח.