בן זהבה ומיכאל, נולד ביום כ"ד בחשוון תרע"ה (13.11.1914) בסובוטיצה, יוגוסלביה, למשפחה ציונית. הווא סיים את חוק לימודיו בהצטיינות ומעידות על כך תעודות ההוקרה הרבות שנותרו מימי הגימנסיה שלו. בשנת 1936 עלה לארץ-ישראל והשתקע תחילה בחיפה ואחר-כך באזור הקריות שבמפרץ חיפה. הוא עסק במלאכות שונות, אף התגייס לנוטרות, וכל אותה עת שקד על לימודי חשמלאות. כאשר רכש את הידע הדרוש למקצוע התקבל לעבודה בבתי הזיקוק שבמפרץ. עד מהרה נוכחו מעבידיו בכושרו המקצועי והעריכו כהלכה את כשרונו וחריצותו. יהונתן הירבה במסעות רגליים וגמא ברגליו קילומטרים רבים של הארץ שכה אהב. היה צייר מוכשר, גילף בעץ והיה חבר באגודת חובבי הטבע.

ביום י"ז בטבת תש"ח (30.12.1947) הטילו אנשי האצ"ל שתי פצצות מתוך מכונית נוסעת לעבר קבוצה של כמאתיים פועלים ערביים דורשי עבודה, שעמדו ליד שער בתי הזיקוק. בהתפוצצות נהרגו שישה ערבים וחמישים נפצעו. הנותרים נכנסו בשער המפעל ובעזרת חבריהם, העובדים הערביים, טבחו שלושים-ותשעה יהודים בכלי נשק מאולתרים. בין החללים היה גם יוני, שהובא למנוחות עם שאר החללים בבית-הקברות האזרחי בחיפה. השאיר אחריו אישה, שלושה ילדים קטנים, אחים ואחיות.