בן מאירה ואברהם, נולד ביום א' בטבת תשי"ב (30.11.1951) בקיבוץ בית-אלפא. ילדותו של יוני עברה עליו בקיבוץ, בקבוצת הילדים, כשאישיותו המיוחדת מקרינה על כל הסובבים אותו. הוא היה ילד סקרן, אהב טבע ובעלי-חיים, ובילה שעות ארוכות במחיצתם. ידועה במיוחד הייתה אהבתו של יוני לסוסים. הוא עבד באורווה בטיפוח ובגידול הסוסים, ועוד בהיותו נער השתתף במירוצי סוסים והגיע למקומות הראשונים. את בית-הספר היסודי סיים יוני בקיבוץ, והמשיך את לימודיו במוסד החינוכי "גלבוע", שם הצטיין בעיקר בלימודים הריאליים. יוני היה תלמיד חרוץ ושקדן, השקיע זמן רב ומחשבה בלימודיו, ואכן הגיע להישגים גבוהים. את זמנו הפנוי הוא הקדיש להאזנה למוסיקה. אהבתו הגדולה הייתה בפלחה. בנוסף לכך שהיה טייס בדם היה יוני פלח הקשור לאדמה בכל נימי נפשו.

יונתן גויס לצה"ל בפברואר 1970, והוצב בחיל-השריון. הוא השתלם בקורסים רבים, החל בקורס מפקדי טנקים וכלה בקורס קצינים, וסיים אותם בהצטיינות. בצבא בא לידי ביטוי כוח רצונו העז, ובמיוחד כישוריו כמפקד. פקודיו אהבו והעריכו אותו ואת דרכו המיוחדת בפיקוד.

במלחמת יום-הכיפורים נלחם יוני בחירוף נפש בתעלת סואץ, ולאחר המלחמה הוענק לו עיטור העוז. בהמשך דרכו הצבאית הגשים יוני חלום ישן. הוא התקבל לקורס טיס. אביו של יוני, אברהם הכהן, שהיה טייס ותיק ומנוסה, נהרג בשנת 1970 בעת ניסוי של מטוס ה"ערבה". שש שנים אחרי מות אביו, זכה יוני להיות טייס בחיל-האוויר. הטיס היה ליוני דרך חיים, ומילא את כל ישותו ומאוויו: לא היה דבר בתחום הטיס, שלא עורר את סקרנותו והתעניינותו.

יונתן נפל בעת מילוי תפקידו, בהתרסק מטוס ה"כפיר" שבו טס בשמי סיני, בליל ל' בניסן תש"ם (15.4.1980), והובא למנוחת-עולמים בחלקה הצבאית בבית-הקברות של קיבוץ בית-אלפא. בן 28 שנים הוא היה בנופלו. הוא השאיר אחריו אם, אחות ושני אחים.

במכתב תנחומים למשפחה כתב מפקדו: "בזכות המרץ והיכולת האופיינים לו, התקדם יוני בסולם התפקידים בטייסת. הוא היה למדריך, וגם שם התבלט בשילוב הנעורים והבגרות שבו. כישוריו של יוני הובילוהו קדימה לתפקיד בכיר אל הכפיר".